Puede ser porque los mensajes anteriores ya no estén en el servidor, bien porque en una instalación anterior en POP marcaste "borrar mensajes descargados del servidor", bien porque en IMAP los has borrado en tu instalación anterior y ya no están en ningún sitio.

Lo primero que tendrías que decir es si te bajas los mensajes por POP o IMAP y si es una instalación nueva o antigua y, en el primer caso, si has copiado el perfil de tu instalación anterior o estás bajando los mensajes de nuevo del servidor.